Con la manumisión de los romanos sobre el gobierno de Alejandría y el empuje cada vez más poderoso del cristianismo en todo el imperio, sobre todo bajo el emperador Constantino I el Grande, los papeles se invirtieron.
Perseguidos primeramente y obligados a practicar de forma secreta esta nueva religión, los cristianos, en la época de Constantino, persiguieron a su vez a todos los adeptos al paganismo.
Situado bajo la jurisdicción de un patriarca cristiano, el museo de Alejandría tuvo que elegir: o los sabios se convertían al cristianismo o se mantenían fieles a su religión.
En un último esfuerzo para salvaguardar su libertad religiosa se refugiaron en el templo de Serapis, que abrigaba una buena parte de la biblioteca para defenderse contra las medidas disciplinarias que se habían hecho intolerables.
Algunos cristianos enfurecidos, asediaron el templo y cuando la resistencia fue vencida, decidieron destruirlo enteramente con todo su contenido. Más de 300.000 manuscritos se perdieron para siempre y esta catástrofe puso fin definitivamente a las ambiciones de los macedonios.
El museo continuó, pero los grandes sabios que habían negado su creatividad a Alejandría fueron sustituidos por teólogos y comentaristas. Hipatia fue la última representante de los sabios matemáticos de Alejandría; pereció de forma atroz por negativa a aceptar la religión cristiana y permaneció fiel, hasta su muerte, a sus dioses griegos.
Los edificios del museo fueron desocupados y cayeron en la ruina. En tanto, la Biblioteca de Cleopatra continuó acumulando copias de manuscritos. Cuando los mahometanos ocuparon Alejandría en el 640, la biblioteca estaba ya cerrada desde hacía tiempo. El gobernador árabe, perplejo ante esta acumulación de manuscritos cubiertos de polvo, recibió la desgraciada orden de destruirlo todo. La destrucción era, pues, la única solución de los mandatarios y las gentes ajenas al conocimiento.
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